Olá,
Vou tentar responder de maneira sucinta:
... Instalei o o seu plugin para pagamento via PagSeguro no Virtuemart 2, mas achei a página de confirmação de pedido (aquela última que aparece antes do cliente ir para o PagSeguro) um pouco confusa... Existe alguma forma de alterar aquela página para algo parecido com a do plugin do Luis Weber (baseado no plugin do Rodrigo Paiva), onde aparecem os dados do pedido, uma contagem para o redirecionamento e o botão do pagseguro embaixo? como posso alterar isso? ...
Neste caso não há o que fazer pois o plugin citado usa o padrão antigo do PagSeguro, ou seja, a "integração via HTML" que é mais suscetível às tentativas de fraude pois monta TODOS os dados dados da compra em um "form" HTML e JUNTO do botão de pagamento. Isso permite alterações.
Já o meu plugin usa a "integração via API" onde ele apenas apresenta o botão de pagamento DEPOIS que TODOS os dados da compra já foram registrados no servidor do PagSeguro, ou seja, quando o botão de pagamento é apresentado o PagSeguro já sabe quais o produtos e valores envolvidos e não há possibilidade de alteração/fraude neste ponto. É mais seguro!
Explicado isso fica mais fácil de você entender as diferenças existentes nos modos de finalização.
... Outra coisa... quando é exibida a página de conformação do pedido com o botão do pagseguro, a mesma é exibida "desaparecendo" com todas as posições superiores do meu site (logo, cabeçalho e etc)... isso faz comm que o usuário fique travado naquela página
...
Neste caso acredito ser simples a solução pois bastaria você configurar seus módulos para que não sejam exibidos nesta página de finalização, ou seja, nestas posições superiores do seu site.
Isto pode ser feito usando um menu oculto("menu fantasma") e definindo que estas posições não devem ser usadas quando neste menu. Veja esta referência:
http://www.youtube.com/watch?v=H49-cBP21dk
Abraços