Achei um pouco confuso o cabeçalho. Onde tem 2 logotipos e no meio tem escrito Secretaria Municipal de Saúde. Acho que o logo principal, no caso o da Secretaria (que tem a Cruz) deveria ficar à esquerda ou centralizado e onde tem escrito Secretaria Municipal de Saúde tá muito grande. O logotipo da prefeitura ser diminuído.
Acho que deves repensar a questão das "Bordas". Tem a borda externa com sombra, tem borda no cabeçalho, depois tem borda no conteúdo e tem bordas nos módulos da direita. Entendo a questão de identidade visual, vc utilizou um padrão, mas talvez devesse clarear um pouco as cores das bordas.
Toda a área do cabeçalho está "clicável", acho que deveria ser clicável somente nos logotipos, por exemplo, ao clicar no logotipo da SMS você vai para a página inicial do site, ao clicar no logo da prefeitura vc vai para o site da prefeitura.
Ficou muito boa a montagem que vc fez no cabeçalho, onde tem aquelas fotos uma do lado da outra. Acho que neste local você poderia ter mais fotos, tipo uma animação mesmo, ou uma transição de fotos para dar idéia de movimento no site.
Nos módulos da direita, além de retirar as bordas eu achei que deveria ter mais contraste entre o fundo e as letras, onde tem escrito ENQUETE, USUÁRIOS.
No lateral esquerda eu tentaria outra cor, um degradê de cinza claro para branco pode ficar legal, tem que testar pra ver.
Neste estilo .contentheading na página inicial, tem as notícias ao centro da tela, poderia experimentar trocar a cor do texto para um verde escuro e diminuir um só pouquinho a fonte.
Gostei do menu, ficou bom os marcadores que vc usou, tanto a cruz como as setas. Vi que tem alguns itens com sub-menu, nestes casos acho que seria legal vc utilizar um menu no formato Transmenu, assim aqueles itens do sub-menu não ficariam escondidos. Como sugestão deixo o link do Módulo JA Transmenu:
http://extensions.joomla.org/component/option,com_mtree/task,viewlink/link_id,924/Itemid,35/
por hora foi isto que observei.
Parabéns pelo site!
abraços,
Eduardo Ferreira