ele não sumiu, o arquivo apenas fica oculto por seguranća... pode ter certeza que ele está lá... particularmente eu nem uso URLs amigáveis para não me estressar com isso, pois já desisti de tentar fazer o mod_rewrite funcionar...
a melhor coisa que tu pode fazer é entrar em contato com o suporte do teu servidor e pedir uma mão pra eles quanto a isso.
realmente não tenho nenhum conhecimento além desse (que compartilhei contigo) sobre mod_rewrite e arquivos .htaccess
na teoria é só habilitar os negocinhos lá no joomla e renomear esse arquivo, agora o por que de não funcionar não sei dizer mesmo...
assim que tu conseguir, posta aí a solućão que será tri útil
Abraćo e bons estudos