Se teu joomla está rodando em ruindows, então não é preciso alterar nenhum tipo de permissão. Já se teu joomla está rodando num servidor linux

tu poderá alterar as permissões das pastas e arquivos através de um cliente de FTP ou do painel de controle que a tua hospedagem disponibiliza...
abraćo
ps.: o comando que altera as permissÕes no linux é
chmod